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Le but de CIGESMED est ce comprendre les liens qui existent entre les pressions naturelles et anthropiques, et le fonctionnement des ecosystèmes, afin de définir et de maintenir le Bon Etat Ecologique (BEE) de la Méditerranée, grâce à l'étude d'un habitat typique, complexe et encore peu connu, construit par des algues calcaires encroûtantes, le "coralligène".

L'approche intégrative de l'habitat coralligène permettra de mutualiser et visualiser de larges jeux de données multidisciplinaires, et de gérer l'ensemble des connaissances nécessaires à l'étude de cet écosystème. Des indicateurs, utilisables des niveaux "communautés" à "infra-spécifique" (approches moléculaires/ADN), seront co-développés et testés par la commuauté scientifique, les aires marines protégées et les réserves et grâce à la mise en place d'un réseau de "science participative". Ceci devra permettre un suivi intégratif du BEE de ce milieu dans le cadre de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM).

GIGESMED rassemble des scientifiques français, grecs et turcs pour étudier conjoitement à la fois le bassin septentrional de la Méditerranée et le bassin Levantin et la Mer Egée. Dix laboratoires d'écologie marine sont impliqués, et des observateurs d'autres pays participeront également. Le programme est coordonné par l'IMBE (Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale), unité de recherche du CNRS-INEE, de Aix-Marseille Université, de l'IRD et de l'Université d'Avignon.