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La meta de CIGESMED es comprender los vínculos que existen entre las presiones naturales y antrópica, así como el funcionamiento de los ecostemas, con tal de definir y mantener en Buen Estado Ecológico (BEE) del Mar Mediterráneo, mediante el estudio del hábitat típico, complejo y aún poco conocido que construyen algas calcáreas incrustantes: el "coralígeno".

El estudio del hábitat coralígeno desde un enfoque integrativo permitirá mutualizar y visualizar amplios juegos de datos, y también gestionar los conocimientos para el estudio de este ecosistema. Por la colaboración entre Científicos, Áreas Marinas protegidas y Reservas, así como por la puesta en marcha de una red de "Ciencias ciudadanas", se construirán y probarán indicadores, desde el nivel "comunidades" hasta el nivel "intraespecífico" (gracias al ADN). Todo ello deberá llevar a una evaluación global del Buen Estado Ecológico del medio marino en el marco de la Directiva Marco sobre la Estrategia Marina (DMEM).

CIGESMED reúne científicos de Francia, Grecia y Turquía con tal de estudiar las partes septentrional y levantina de la Cuenca del Mediterráneo y también el Mar Egeo. Diez laboratorios de ecología marina están involucrados en el proyecto y también participan observadores de otros países. El programa lo coordina el IMBE (Instituto Mediterráneo de Biodiversidad y Ecología marina y continental), que es una unidad de investigación del CNRS-INEE, de la Universidad de Aix-Marsella, del IRD y de la Universidad de Aviñón.